Thực ra, trước thành công của M-100CT, đầu năm 2001, VKTPK-KQ đã khởi động dự án "Nghiên cứu thiết kế, chế tạo MBKNL điều khiển chương trình", ký hiệu M-400CT. Thiết bị này có nhiều điểm tương đồng với Tổ hợp thiết bị bay DF-16 do Israel sản xuất. Cho đến khi thử nghiệm thành công M-100CT, Viện giao cho Ban nghiên cứu mục tiêu bay tiếp tục hoàn thiện sản phẩm.

Đại tá Trịnh Xuân Đạt cho biết, đây là một nhiệm vụ khó, đòi hỏi phải đầu tư công sức và trí tuệ nhiều, khó nhất là thiết kế, chế tạo chương trình điều khiển tự động. Trong khi đó, các linh kiện này không có ngoại nhập, trong nước thì càng khan hiếm, bởi vậy các kỹ sư đã nghiên cứu thử nghiệm trên nhiều linh kiện khác nhau. Còn phần chế tạo vỏ, thân máy bay, khác với mục tiêu bay, lần này Viện phối hợp với Trường Đại học Bách khoa Hà Nội sử dụng chất liệu composit (thay cho chất liệu gỗ như trước), chất liệu này vừa rẻ vừa giảm được trọng lượng của máy bay xuống, nâng khả năng mang nhiên liệu của máy bay lên.

Sau 4 năm nghiên cứu, thử nghiệm, ngày 15/9/2005, 2 chiếc MBKNL M400-CT mang phiên hiệu 405, 406 đã bay báo cáo thành công các bài bay tại sân bay Kép (Bắc Giang), với độ cao 2.000m, bán kính hoạt động 15 km. Sau đó, VKTPK-KQ tiếp tục cải tiến và nâng cấp M-400CT lên độ cao 3.000m, tốc độ 250 – 280 km/h, bán kính hoạt động 30 km, có thể cất hạ cánh trên đường băng (đất hoặc bê tông). Cùng với việc chế tạo MBKNL, Viện cũng đã thiết kế và chế tạo thành công các hệ thống bệ phóng (dùng cho các trường hợp không có đường băng cất cánh) bằng những nguyên vật liệu có trong nước, nhẹ và dễ cơ động. Với thành công này, ngày 15/9/2005 được lấy làm ngày khai sinh của MBKNL và những thành công này đã đưa Việt Nam trở thành một trong số ít nước Đông Nam Á chế tạo được MBKNL. Hiện nay, VKTPK-KQ là đơn vị sản xuất mục tiêu bay, MBKNL phục vụ cho công tác huấn luyện của các lực lượng phòng không, không quân và lực lượng phòng không lục quân. So với thế hệ mục tiêu và MBKNL trước đây, hiện nay chúng đã được cải tiến và nâng cấp nhiều hơn để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của các loại khí tài mới và hiện đại. Cùng với việc sản xuất mục tiêu bay, MBKNL phục vụ mục đích quân sự, VKTPK-KQ cũng đã thiết kế, chế tạo ra các loại MBKNL phục vụ các mục đích dân sự như: bay phun thuốc trừ sâu, bay quay phim, chụp ảnh địa hình...